Wes Anderson maluje swój film w intensywnych, skontrastowanych barwach. Miesza ze sobą wystylizowane elementy i rzeczywistość. Narrator, a jednocześnie bohater filmu, ubrany w krwiście czerwony płaszcz i zielone spodnie wygląda jak pomocnik świętego Mikołaja. Zaraz na początku filmu z powagą informuje widzów, że akcja rozgrywa się w Nowej Anglii i za kilka dni w wybrzeże uderzy ogromny sztorm.

Zakochani w sobie nastoletni Sam i Suzy po roku pisania listów postanawiają razem uciec. Sam wymyka się z obozu skautów, Suzy po kryjomu opuszcza dom. Zaczyna się akcja poszukiwawcza, na której czele stoi m. in. harcmistrz Ward (Edward Norton), prowadzona tym gorliwiej, że wkrótce wyspę ma spotkać potężna burza morska. Anderson nie przegaduje filmu, zawiera dużo treści w obrazach. Kochankowie z Księżyca zaczynają się od wędrówki kamery po domu Suzy, który wydaje się być zbudowany jak domek dla lalek, jest prezentowany w przekroju. Dzięki kilku ujęciom dowiadujemy się, że dziewczynka jest typem samotnika, a jej rodzice (w tych rolach Bill Muray i Frances McDormand) nie przebywają nawet przez chwilę w jednym pokoju.

Główni bohaterowie to dzieci, które sprawiają tzw. problemy wychowawcze. Sam wychowywał się w domu dziecka, Suzy całymi dniami czyta książki o fantastycznych przygodach i ciągle ma przy sobie lornetkę, która zapewnia jej namiastkę życia bohaterów jej ulubionych książek – daje jej magiczną moc. Historia miłości niezwykle inteligentnych, osamotnionych i postrzeganych przez innych jako dziwnych nastolatków pokazuje problemy dorastania bez idealizowania rzeczywistości. Kontrast pomiędzy formalną stroną filmu, która przywodzi na myśl bajkę, a przedstawionymi w nim brutalnymi realiami daje znakomity efekt.